“大躍進”運動后，潛在的經濟困難和嚴重的自然災害，把整個國家推進了三年困難時期，化工所也陷入了嚴重的危機之中。
面對困境，剛剛到任不久，主持日常工作的黨委副書記于光禮、副所長彭海濤和委員們坐立不安，憂心忡忡。他們進實驗室，下車間，走家串戶，與廣大工人、干部、科技人員促膝談心，鼓勵大家堅定信心，共渡難關。1961年1月，黨中央面對嚴重的國內局勢，提出了“調整、鞏固、充實、提高”八字方針。在省委的領導下，化工所以黨的八字方針為指導，結合貫徹中央頒布的《科研工作十四條》，作了縮短科研戰線，精簡管理機構，下放科研人員，保證科研重點的調整。研究工作由原來二十幾個方面上百個項目縮減為六個方面十個項目。這些研究項目都是從本省生產實際出發，緊緊圍繞著當時吃、穿、用的迫切需要服務的，如化肥、農藥、化纖等。當時全所提出了一個口號，為“兩當”（當時、當地）服務，為“吃、穿、用”服務，這一口號像一塊巨大的磁鐵，把廣大職工的心凝聚起來，成為全所職工的共同目標。使面臨危機的化工所出現了大鬧技術革新、技術革命的嶄新局面，展示了一幅幅團結拼搏，英勇奮戰、生氣勃勃的動人畫面。
為了滿足農作物增產所必需的肥料，肥料室主任喬關根領導的鈣鎂磷肥課題組，于1961年率先走出實驗室，奔赴生產第一線，利用金華地區在大辦鋼鐵時閑棄的煉鐵電爐開展試驗。那時下廠搞試驗，住在工人集體宿舍，七、八個人擠在一間屋子里，無住勤補貼，也沒營養費。吃的是三分錢一碗的青菜，八分錢一包的醬辣椒。試驗場地是在一個無窗無門，四面透風的車間里，用草簾子擋風；試驗設備是一只土頭土腦的煉鐵電爐，人在爐膛邊要忍受著六、七十攝氏度高溫的油煙熱氣的熏蒸。就是在這樣艱苦的條件下，科技人員搞配方，摸條件，三班試驗連軸轉，經過上百次的試驗，用電爐法研制成功了適合浙江酸性土壤的鈣鎂磷肥。1964年在金華化工廠400KVA煉鐵爐上完成中試，翌年建成了國內第一套萬噸級電爐法（1800KVA）鈣鎂磷肥生產線，為改變吃糧靠救濟的金華地區的貧困面貌作出了重要貢獻?！墩憬請蟆樊敃r用醒目的標題，報道了金華地區“以磷增氮”奪得糧食豐收的經驗。喬關根這位支援農業的功臣，光榮地當選為浙江省第三屆人代會代表。1965年，喬關根等人還在紹興鋼鐵廠成功解決了82立方米的煉鐵高爐上改產年10萬噸鈣鎂磷肥含氟廢氣回收問題，奪得了全國高爐法鈣鎂磷肥之冠，這使浙江在60年代中期高爐法鈣鎂磷肥單爐產量和技術居世界領先地位。
為支援農業大豐收，防治和消滅棉花、小麥、馬鈴薯、果樹、甘蔗的病蟲害。剛成立的農藥室雖然機構初建，技術力量薄弱，但他們不甘示弱，集中力量打殲滅戰，取得了輝煌戰果。甲基1605課題組的同志，面臨著爆炸，中毒的危險，在沒有通風柜和磨口玻璃瓶的情況下進行合成試驗。合成反應中產生的剌激性毒氣體散發出來，像針一樣扎進他們的喉頭和肺部，嗆得眼淚鼻涕一起往外涌，有的眼膜遭到了化學物質的破壞，但他們默默忍受著當時那樣惡劣的實驗條件，用自己的血肉之軀研制出了農藥甲基1605，在60年代被農民兄弟稱為水稻，棉花蟲害的“克星”。藥效組的同志為早日把農藥新產品送到農民手中，走南闖北，跨長江，過黃河，下海南，風餐露宿，星夜兼程。在棉田的地弄里，在水稻的田埂上，都留下了他們疲倦的身影和一個個深深的腳印。
1962年，當得知國家科委為滿足群眾穿著需要，準備向日方購買聚氯乙烯纖維專利權后，高分子室主任吳東儕主動請纓，挑起了研制聚氯乙烯干法紡絲的重任。這位出生在臺灣，畢業于東京帝國大學的知識分子，已經在日本成家立業，有洋房汽車，過著富裕的生活，其監護人又是日本天皇的侍醫。但為了貧窮的祖國，他毅然離別親人，踏上社會主義的熱土，來所指導科研工作。他與大家一起本著自力更生的精神，于1964年開始搞氯綸干法紡絲試驗和研制用于干法紡絲的聚氯乙烯樹脂，僅一年時間在擴大試驗中就獲得成功。研制的樹脂不僅符合干法紡絲的要求，而且纖維主要質量指標已趕上日本帝維綸和法國羅維爾的水平。該樹脂于65年12月通過技術鑒定后被命名為“華東12型樹脂”，并迅速投入工業化生產。當吳東儕先生看到自己主持研制的產品聚氯乙烯樹脂紡制成的纖維，能替代棉花、工業用布（濾布等），能解決部分穿衣問題時，那份心情恰如曾二次受到周總理熱情接見時一樣的激動。這位愛國僑胞，后來成為浙江省僑聯主席，當選為七屆全國人大代表。
上述的一個個生動場景，是60年代初期化工所戰勝困難的創業史，也是一部為了人民的吃、穿、用無私奉獻的歷史，更是一部干部和職工團結拼搏，為攻克一座座科學堡壘，不顧血與火、生與死的奮斗史，是化工所發展史上最轟轟烈烈的篇章。
從1961年至1966年期間，全所科技人員抓住這六載春光，先后承擔了化肥鈣鎂磷肥、沉淀磷酸鈣、農藥甲基1605、馬拉硫磷、毒殺芬連續化和華東—12型樹脂、聚氯乙烯干法紡絲等國家級重大科研項目，共取得具有工業化價值的重大科技成果十項。這些項目大多成為1978年全國科學大會和化工部的獲獎項目。這些項目的開發研究，使化工所在省級科研單位中的地位突現出來，為我國尤其為我省化工科學技術和生產的發展起到了重要的推動作用。這些成果在全國生產廠家推廣后，為國家創造了巨大的經濟效益和社會效益。同時，經過六年的苦心經營，化工所漸漸地發展壯大起來。進口了紫外光譜、紅外光譜、愛克司射線分析儀、纖維檢驗等大型精密儀器，裝備了高溫、高壓、超低溫、微量等儀器設備，科研條件有了很大的改善。期間還補充了一批大專畢業生到所工作，人員增加，機構擴大，研究專業也作了必要的調整，撤銷有機室，設立了肥料、農藥、有機高分子、分析、氟化工、微生物等六個研究室，還建成了土接硫、農藥毒殺芬、沉淀磷酸鈣、聚氯乙烯大干紡等車間。整個所學術氣氛濃厚，開辦了英日俄外語訓練班和化工原理、有機化學等單科夜校。這一切，使化工所顯示出一片生機，成為全省化學工業研究的中心和國內地方化工研究所的姣姣者，化工所在困境中從此站立起來了。